La importancia ambiental de Puerto Guzmán se manifiesta en su diversidad biológica y en la abundancia de sus recursos naturales. El municipio posee una gran variedad de flora y fauna, incluyendo especies endémicas que se encuentran en peligro de extinción. Esta variedad se encuentra vinculada a la complejidad de los ecosistemas que alberga el territorio municipal: bosques húmedos tropicales, humedales, ríos y lagunas que son el hogar de una multiplicidad de plantas y animales. La gran cantidad de recursos naturales incluye minerales, madera y abundantes recursos hídricos.

Esa riqueza ambiental se encuentra amenazada por la deforestación: el municipio perdió 26.584 hectáreas de bosque entre 2017 y 2021. De hecho, concentra en la actualidad cerca del 40% de la deforestación total del departamento.

Puerto Guzmán también posee una riqueza y diversidad cultural valiosa. Allí habita una importante población inga y páez agrupada en cuatro resguardos reconocidos. Asimismo existen asentamientos de población afrodescendiente que migró desde la costa pacífica y caucana.