Los bosques, que ocupan un área de aproximadamente 200.000 hectáreas, representan el 60% del territorio municipal. Se calcula que en esos bosques habitan más de 1.500 especies de plantas, de las cuales aproximadamente 500 son endémicas, y más de 1.000 especies de animales, de las cuales unas 200 son endémicas.

Este ecosistema húmedo tropical y su riqueza de flora y fauna se encuentra gravemente amenazado por la deforestación. Efectivamente, perdió 2.959 hectáreas entre 2017 y 2021. Puerto Asís concentra actualmente cerca del 10% de la deforestación de Putumayo. El bosque se está transformando en praderas dedicadas a la ganadería extensiva.

Los humedales, que desempeñan un papel importante en el ciclo hidrológico y en la regulación del clima, ocupan en este municipio un área de aproximadamente 10.000 hectáreas. Los ríos son un importante recurso hídrico para el municipio, especialmente, el río Putumayo.

La producción petrolera es la mayor actividad económica del municipio y, a la vez, fuente de conflictos socioambientales.