La tasa de deforestación en Puerto Leguízamo es una de las más altas del departamento de Putumayo. En efecto, Puerto Leguízamo concentra cerca del 25% de la deforestación total del departamento. Las principales causas de este fenómeno están asociadas a la siembra de cultivos de uso ilícito, minería ilegal, ganadería extensiva, la explotación de hidrocarburos y la tala ilegal de árboles.

Según datos del Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales (IDEAM), la tasa de deforestación en el municipio de Puerto Leguízamo se ha incrementado durante los últimos años. El municipio registraba en 2010 una cobertura forestal de 990.000 hectáreas que se extendía por el 97% de su área terrestre. Perdió 4.780 hectáreas de bosque solo en 2022.

La diversidad de pueblos indígenas presentes en Puerto Leguízamo es importante. Según información del Ministerio del Interior, allí hay 11 resguardos indígenas, que ocupan un área total de 2.438,7 km². Estos resguardos están habitados por las etnias murui (7 resguardos, con una superficie total de 1.462,7 km²); kichwa (2 resguardos, con una superficie total de 529,5 km²); coreguaje (un resguardo, con superficie total de 346,5 km²); siona (un resguardo, con una superficie total de 200 km²); murui-Muinane (un resguardo, con superficie total de 100 km²); huitoto (un resguardo, con superficie total de 40 km²).

El Estado reservó cerca de 600 km² para adelantar actividades de exploración y explotación de hidrocarburos.

El Parque Nacional Natural La Paya se encuentra ubicado en el municipio de Puerto Leguízamo. Este parque tiene una superficie de 422.000 hectáreas. Ello lo convierte en el segundo parque nacional natural más grande de la Amazonía colombiana.