Este municipio, rodeado por los ríos Guaviare, Ariari y Guayabero, perdió 69.487 hectáreas de bosque entre 2017 y 2021 como resultado de la tala indiscriminada para dedicar las tierras a la ganadería extensiva.

Gran parte del área del municipio de la Macarena se encuentra dentro del Área de Manejo Especial de la Macarena. Esta figura de conservación incluye la totalidad de los parques nacionales naturales Sierra de la Macarena y Tinigua y, parte de los parques Sumapaz y Cordillera de los Picachos.

El municipio es la puerta de entrada al Parque Nacional Sierra de La Macarena que tiene una extensión de 629.280 hectáreas distribuidas entre ecosistemas de selvas húmedas, bosques inundables, matorrales y vegetación herbácea de sabana amazónica.

Este parque es un área extraordinaria por sus condiciones de serranía aislada. Ello sugiere que alberga especies únicas y un importante índice de diversidad de flora y fauna. También permite observar también muestras arqueológicas sobre los ríos Duda y Guayabero en donde se encuentran petroglifos y pictogramas de culturas indígenas que habitaron la zona. La Sierra de la Macarena, que hace parte del sistema montañoso del escudo guyanés es una de las formaciones geológicas más antiguas de Colombia. Es, además, el punto de encuentro de los Andes, la Amazonia y la Orinoquia.