El municipio, que sufrió hasta 2021 la pérdida de 67.941 hectáreas de bosque amazónico, acumula casi el 50% de la deforestación total del departamento.

Esta situación estuvo vinculada con la apropiación ilegal de baldíos de la Nación para desarrollar, especialmente, la ganadería extensiva y la siembra de cultivos agroindustriales como la palma.

Los pueblos indígenas que habitan en San José pertenecen a las etnias sikuani, jiw, nukak y tucanos orientales.

El turismo se ha convertido en una fuente de ingresos para el municipio por sus riquezas naturales y culturales como la Ciudad de Piedra, la Puerta de Orión, el río florecido de Tranquilandia, las pinturas rupestres que se encuentran en el área arqueológica protegida de la Serranía La Lindosa y el emblemático Cerro Azul, una de las entradas al parque Chiribiquete.

Cerro Azul es una elevación que alberga un complejo de pinturas rupestres de la cultura macaguaje. Las pinturas son de colores vivos y representan escenas de la vida cotidiana de los indígenas. La Puerta de Orión es una formación geológica que se asemeja a la constelación de Orión.

La Serranía de la Lindosa es una cadena de formaciones geológicas rocosas muy antigua que se localiza entre el río Guaviare y el río Inírida y entre la Amazonia y la Orinoquía. Las rocas que forman la serranía son muy resistentes a la erosión y por ello ha conserve su forma original.

Nace como poblado en 1910 como sitio de tránsito hacia la extracción del caucho de Calamar, que era entonces el punto más importante. En 1976 se lo declara municipio y comienza un crecimiento acelerado. Su agricultura tiene mucho peso y está sustentada en plátano, yuca, cacao, caña miel y caucho. El turismo se ha convertido en una fuente de ingresos para el municipio por sus riquezas naturales (Ciudad de Piedra, la Puerta de Orión y el río florecido de Tranquilandia, el Área Arqueológica Protegida (AAP) de la Serranía La Lindosa con sus pinturas rupestres y sus bellos ríos y cascadas) casi todas ellas poco accesibles en tiempos del conflicto armado en la región.