Este municipio ha ocupado por varios años el primer lugar en pérdida de bosque pues en tan solo cinco años fueron arrasadas 86.973 hectáreas de bosque. Se calcula que en 2022 perdió 19.000 hectáreas de bosque.

Las principales causas de la deforestación en San Vicente del Caguán son la agricultura, la ganadería y la minería. La agricultura es la principal causa. Esta representa el 60% de la deforestación. La ganadería, el 20% y la minería, el 20%.

El Parque Nacional Natural Serranía del Chiribiquete abarca parte del municipio. La extensión de este parque se amplió a 4.268.095 hectáreas en2018. Ello lo convierte en el parque nacional natural más grande de Colombia y el segundo más grande de América del Sur.

Unesco declaró este parque como patrimonio mixto de la humanidad en 2018, por su notable importancia natural y cultural. Sin embargo, Chiribiquete se encuentra seriamente amenazado por la deforestación. En 2022, la tasa de deforestación del parque fue del 1.3%. Ello representa una pérdida de 19.000 hectáreas de cobertura forestal, una tasa superior a la del promedio de deforestación en Colombia que es de 0.8%.